已经迎来了宇宙开拓时代的人类组成了为开采在宇宙行星的资源进行支援的战斗组织ZAPSPACY。『超级银河—大怪兽乱斗』正是以ZAPSPACY的宇宙运输船船员们而展开的故事。他们更改了当初的航行计划并驶向了宇宙的边境行星——波利斯。正是因为来自波利斯的定期联络突然被中止。而原因却不明……不久到达波利斯的4名队员等待着他们的却是波利斯已被荒废的惨状。4人正准备调查此事时面前出现了巨大的身影……那是以前在地球出现过但是大部分人认定现在已经灭亡了的怪兽就在同一时刻出现了能够驾驭怪兽的青年——レイ零他到底是什么人想象一下激烈程度达到顶点的战斗就要开始了──